Rođena u Beogradu, završila je  kompoziciju na Fakultetu muzičke umetnosti u Beogradu u klasi Vlastimira Trajkovića (student Olivijea Mesijana). Od 2002. godine bila je profesor kompozicije na istom fakultetu. Za svoj kompozitorski rad osvojila je nekoliko značajnih nagrada u zemlji, uključujući i Mokranjčevu nagradu 2004. godine. Dobitnik je stipendije njujorške fondacije  „Civitella Ranieri“ za 2005. godinu.

Godine 2006. izabrana je za člana Srpske akademije nauka i umetnosti (od 2012. redovni član), a 2012. za člana Svetske akademije umetnosti i nauka (WAAS). Berlinski časopis Der Freitag izabrao je Isidoru Žebeljan za jednu od deset najperspektivnijih javnih ličnosti na svetu za 2009. godinu. Godine 2014, kao prva javna ličnost sa Balkana, dobila je nagradu Parlamentarne skupštine mediteranskih zemalja, za dostignuća u oblasti kulture i umetnosti.

Komponovala je za izuzetne muzičke ansamble kao što su: Bečki simfoničari, Academy of St. Martin in the Fields, Brodski kvartet, Oktet Berlinske filharmonije, Holandski kamerni hor i London Brass. Njene kompozicije se redovno izvode po čitavoj Evropi, Izraelu, Dalekom istoku i u Americi.

Isidora Žebeljan je bila jedna od najistaknutijih savremenih srpskih kompozitora muzike za pozorište i film sa više od trideset pozorišnih predstava u svim značajnim kućama u Srbiji, Norveškoj, Hrvatskoj i Crnoj Gori. Za rad na tom polju tri puta joj je dodeljena Sterijina nagrada.

Aktivno je nastupala kao pijanista i dirigent, izvodeći svoju muziku, ali i muziku drugih, naročito srpskih kompozitora (Ljubice Marić, Aleksandra Obradovića, Vuka Kulenovića). Dirigovala je premijere kompozicija Dušana Radića i Vasilija Mokranjca. Posebno su značajni njeni dirigentski koncerti u Londonu (orkestar Academy of St. Martin in the Fields) i Amsterdamu (u Velikoj sali Muziekgebouw). Kao pijanista je nastupala i snimala sa kvartetom Brodski. Osnivač je Žebeljan orkestra, koji izvodi prevashodno muziku srpskih kompozitora, i koji je premijerno izveo dve njene opere – „Maratonci“ i „Dve glave i devojka“, a snimao je za diskografske kuće CPO iz Nemačke i Oboe Classics iz Velike Britanije.

Svojim delom obeležila je našu epohu, svrstavajući srpsku umetničku muziku u svetske okvire. Isidorin stvaralački opus ostaće da svedoči o njenoj neizmernoj umetničkoj snazi i talentu.

U ime svih članova Sokoj-a upućujemo porodici iskreno saučešće.